此外,上证和深证还存在一些区别。首先,上证主要是由主板股票组成,上交主板是601、602、603打头,而深证以中小板、创业板为主,深交主板是000开头,创业板是300开头的、中小板是002开头。其次,在交易规则上,两个交易所基本规则是一致的,唯独在收市最后3分钟(14:57-15:00)的交易规则上存在差异。具体来说,上海证券交易所采用连续竞价方式,深圳证券交易所则采用集合竞价方式。最后,在托管方面,上海证券交易所采用的是指定交易,需要设立证券账户时选定一家证券公司作为委托对象;而深圳证券交易所采用的则是“自动托管,随处通买,那买那卖,转托不限”。